Pirmoji stačiatikių šventovė Anykščiuose buvo pastatyta XVI a. pradžioje Didžiojo kunigaikščio Ivano III ir Sofijos Paleolog duktės, Didžiosios Lietuvos kunigaikštienės (nuo 1494 m.), Lenkijos karalienės (nuo 1501 m.) Jelenos rūpesčiu. Pasibaigus 1487–1494 metų rusų-lietuvių karui, susitaikymo tarp dviejų valstybių vardan, ji susituokė su Lietuvos didžiuoju kunigaikščiu Aleksandru Jogailaičiu (1461–1506), kuris įsipareigojo nekeisti jos stačiatikių tikėjimo. Jelena tapo visų stačiatikių globėja Lietuvos valstybėje.

1526 ar 1529 metais Anykščių cerkvė buvo nugriauta.

Antroji medinė cerkvė Anykščiuose pastatyta 1867 metais. Cerkvė priskirta VI klasei. 1867 metų rugsėjo 24 dieną ją pašventino Kauno vyskupas Aleksandras (Dobryninas). 1873 m. netoli jos pastatyta nauja mūrinė cerkvė. Ji priskirta ketvirtajai klasei. 1873 metų rugsėjo 17 dieną Surdegio Šv. Dvasios vyrų vienuolyno vyresnysis, archimandritas Leonidas Anykščių cerkvę pašventino kunigaikščio Šv. Aleksandro Neviškio vardu.